O Sistema de Controle Interno do Poder Judiciário do Paraná atua de forma descentralizada, significando que cada unidade da administração deve ser responsável por controlar a legalidade, legitimidade, economicidade, eficácia, eficiência, impessoalidade, transparência e publicidade de seus atos, cabendo ao Núcleo de Controle Interno o papel de orientar e fiscalizar as unidades administrativas neste controle. Todas as unidades administrativas e entidades que percebam ou arrecadem recursos em nome do Poder Judiciário do Estado do Paraná integram o Sistema de Controle Interno.

O Controle Interno é constituído pelo conjunto de procedimentos, métodos, rotinas, instituídos e executados pelos servidores, mediante Processos de Trabalho realizados nas unidades administrativas ou entre as unidades, e objetiva verificar a conformidade com um padrão, resultado esperado ou legislação, prevenindo erros, desperdícios, falhas, fraudes, irregularidades e ilegalidades na gestão administrativa, financeira, de pessoal, patrimonial e dos demais recursos do Poder Judiciário.  

Desta forma, os servidores do TJPR são responsáveis pela operacionalização do controle interno, resultando, em um sistema que instrumentaliza e fornece uma adequada segurança aos responsáveis pela administração, ao reduzir os riscos envolvidos na execução da missão institucional.

Os integrantes do sistema devem atuar permanentemente visando a prevenção da ocorrência de atos contrários ao conjunto de regras e princípios que regem a Administração Pública , garantindo que os objetivos e metas da instituição sejam alcançadas.